疾病的分类学是探讨各疾病之间的区别和如何区分的一门学科。藏医疾病分类学有其不同于其他医学的分类方法，具有自己的特色。
一、按寒热分类
藏医将所有疾病总体分类为寒热两类，这是因为所有疾病发病的根本原因是体内三因素和十被害物即七精华、三秽物受内外因影响，被损害而产生疾病的，所以疾病其性质而言超不出隆、赤巴、培根三疾病，其发病部位超不出十被害物，正如《四续》所说“犹如禽类虽任意飞翔，但总离不开天空一样。”由于隆、培根属寒、赤巴（血、胆）属热，故疾病种类虽多，其实都可归纳为寒热两类之中。如隆因素受损害所发的隆病和培根因素受损害所发的培根病属寒性疾病；赤巴因素受损害所发的赤巴病属热性疾病。而且具有隆和培根属性的肺、大肠、脾、胃、肾、膀胱、白脉（神经）等疾病没有热邪作用时一般属寒性疾病。具有赤巴属性的血液、肝、胆、心、小肠及外伤、中毒、疠疫所致疾病等一般均属热性疾病。
二、按疾病的属性分类
隆、赤巴、培根三邪各有5个分支，共15种；七精华三秽物有10种，合计25种。这25种各自按单一型、合并型、聚合型及并发型分为难以命名的若干疾病。
三、按性别年龄分类
分为男性病、女性病、老年病、儿童病。其中男性疾病有精亏和滑精2种、睾丸下坠病6种、阴茎病9种，计17种；女性疾病有子宫病5种、子宫瘤9种、阴道虫病2种、妇科严重疾病（妇风病和妇血病）16种，计32种；老年病有五元衰减导致的衰老疾病1种；儿童病有小儿小病8种、大病8种、普通病8种，计24种。这是各性别年龄阶段的专科疾病。
当然还有各科共发疾病即通科疾病。通科疾病的分类法是：
四、按三邪分类
分为隆病、赤巴病、培根病3种。其中隆病分为通病和个病2类:通病按种类分为20种。个病有维隆等单纯分支隆病5种和与赤巴病、培根病并发症10种及皮肤隆病、肌肉隆病、脉隆病、骨隆病、五脏隆病、六腑隆病等病邪侵入途径不同隆病6种和五官显花隆病1种，共计42种；赤巴病也分为通病和个病2类: 通病按种类分为胆汁过甚1种和赤巴侵入他部位病、胆汁外溢病、胆汁窜入脉道病3种，计4种。个病20种，有能消赤巴病等单纯分支赤巴病5种和与隆病、培根病并发症10种及病邪侵入途径不同赤巴病6种和五官显花赤巴病1种，共计26种；培根病分为自性型（单一型）和他性型（合并型）2类：自性型培根病又分为通病和个病
