此外,人体的脏腑器官和脉络的病变与五元的盛、衰、不足有直接关系。例如心脏,五元为空,开窍于舌。在空元功能作用下,气血、意识运行畅通,因之生命旺盛,思维敏锐,舌苔红润。一旦空元偏衰,则血气障碍，出现神昏谵言、狂躁不安等心脏和心血管疾病；肺为风元，开窍于鼻，主气、声，调解水湿，开窍通鼻，一旦风元偏衰，则出现呼吸困难、咳嗽、喘息、声哑鼻塞等症状的肺部疾病；肝为火脏，开窍于目，一旦火元过甚，肝火上炎则出现以目赤体热为特征的温热病、肝胆疾病；脾为土脏，协胃司理运化，一旦土元不足，功能衰弱，则出现脾失健运，引起胃火式微，食欲不佳，消化不良，泻吐频发等；肾为水脏，主水、主生育、开窍于耳，一旦水元不济，则导致水液失调，小便不利，肾腰疼痛，生育功能减退等疾病发生。腑器中的小肠为空府，大肠为气（风）府、胆为火府、胃为土府，膀胱和三木塞为水府，如果各自所属的五元发生太过、不及、紊乱则导致相应各种疾病发生。脉络中的白脉为风脉或水脉，如果风元或水元发生异常变化则导致各种白脉病（神经疾病）发生；黑脉为火脉，如果火元发生偏盛偏衰则引起赤巴病、高血压、低血压、血衰症等血液疾病发生。
4、用五元属性指导疾病诊断
藏医通过望、闻、切三诊所搜集的病性和体证，如色泽、神情、气味、尿象、脉象等，以五元学说理论进行归纳分析，按五元生克变化规律来判断疾病发生部位、疾病性质、转归及预后的。《论述续》说：“犹如火与烟关系，疾病法相由证识”。这里所说的疾病法相就是指体内五元发生太过、不及和紊乱而导致疾病这一内在现象，法相是通过表现在体表的症状或体证被认识。如隆病，由于是风元偏盛所导致，由于风元性轻、动、干、糙、寒、涩等属性的影响，故脉多空浮，尿清如水多泡沫，舌苔糙干、口涩，皮肤糙而不华，全身呈游走性疼痛等证候出现。赤巴病，因火元偏盛所致，由于火元性热、锐、腻、臭等，故脉多洪数而紧弦，尿色、皮肤、巩膜发黄，苔黄，颜面油光，汗臭，身热，发病迅速，一旦发病则病情危急等证候出现。培根病,由于土、水元偏盛所致，因为土、水元性凉、重、钝、稳、柔、粘、腻等，故其脉多沉弱而缓，尿白味淡、蒸汽小，苔白柔润，关节僵硬不灵，味觉不敏，头昏身重，多眠嗜睡，体冷，吐泻物粘腻等证候出现。具体到脏腑疾病也是如此，如肝病，肝属火元，火性热、锐、腻、臭等，故肝病一般脉象紧而关脉洪突，尿赤黄蒸汽大，面目赤红，身壮热，性子急而易怒等证候出现。肾病，肾属水元，水性湿、润、柔、重、钝、稀、寒,故肾病一般脉沉而恰脉弱，尿白青蒸汽小，垢亚如沙，面苍白，身沉怠倦等证候出现。胃病，胃属土元，土性凉、重、钝、稳、柔、粘、腻，故胃病一般脉弱而迟，体冷腹胀，尿白蒸汽小，消化不良，腹泻等证候出现，等等。可见疾病表现出的外在症状均由五元属性所决定，故通过各元所候的脏腑可以诊断出什么脏腑疾病。此外，对疾病的预后，藏医往往用五元的荣和枯判定生与死。《四续》说：“土元融入水元目不见，水元融入火元九窍干，火元融入风元体冷却，风元融入空元气息停。”五元相互被融合，功能衰竭则生命也将终止了。
