金、木、水、火、土五大元素即阴阳五行为元素的体系，而时轮历算则是五大种即以土、水、火、风、空五大元素为基本的体系或者确切地说更多的以土、水、火、风四大元素为基本元素的体系。世间万事万物的生化驻灭都离不开这几大元素的作用，这种理论是五行占算和时轮历算体系中最基础、最根本、最普通的理论。在藏医学体系中，这两种五行理论是并存的，但从整体而言，以土、水、火、风、空五大元素为基础的时轮五大或五行理论自始至终贯穿了藏医的生理学、病理学、诊断学、治疗学和药剂学等整个学科领域。
藏医和天文历算是密不可分的。藏医认为，随着季节、地理位置和宇宙空间的变化，人体的生理及病理状况也会发生变化，所以十分重视观察宇宙星球的运转及气候变化。藏医还认为，不同季节会有不同的疾病发生，不同的药材应在不同季节采摘。天文历算是对整个宇宙大环境变化的研究，医学是对人体内部小环境的研究。而大环境的变化会对小环境带来影响，这就是天人合一的道理。藏医认为天体运行，气候变化，节气不同，这些对人体有影响，藏医施治、用药也因时令不同而辩证诊疗，故将藏医藏历合并在一起研究。
总之，这种内外五行对应关系问题，实际上就是人与自然的关系问题，只有掌握了这种内外五行之间的奥妙关系考虑到季节因素等外部自然界对人体生理疾病的作用关系问题，才能做到正确进行预防保健工作，做到准确地为病人诊病治病，做到内因与外因、内因自身的平衡与调节、人与自然的和谐，最终达到藏医学科学防病治病的目的。
